Liên kết hydro là tương tác hóa học tuân theo các quy tắc cặp bazơ mô tả bên trên.  Sự tương ứng hình học phù hợp của các chất cho và chất nhận liên kết hydro chỉ cho phép các cặp "chính xác" được tạo thành một cách ổn định. ADN với GC-content cao thì ổn định hơn là ADN với GC-content thấp, nhưng, trái ngược với các quan niệm phổ biến, các kiên kết hydro thì không làm ổn định một cách đáng kể ADN, và sự ổn định thì chủ yếu là do các tương tác xếp chồng.[8]